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Lo scenario naturalistico straordinariamente vario della Puglia, diventa il luogo ideale per gli appassionati del trekking che possono divertirsi alternando tranquille passeggiate tra parchi e boschi verdissimi ed escursioni su percorsi sterrati.

Di particolare rilevanza i Parchi Nazionali istituiti e riconosciuti: il Parco nazionale del Gargano, di natura calcarea, ricco di forme carsiche, come grotte e doline.

L'area più interna, ricoperta da una fitta vegetazione arborea è la Foresta Umbra. Una strada panoramica si sviluppa lungo quasi tutto il perimetro del Gargano, toccando molti delle principali e rinomate località turistiche. Il parco include anche l'arcipelago delle isole Tremiti, situato a 12 miglia a nord del Gargano, nel mare Adriatico. Per la qualità delle sue acque di balneazione è stato più volte insignito della Bandiera Blu.

L'altopiano delle murge è situato nella zona centrale della Puglia, ospita il parco nazionale dell'Alta Murgia che ha un'estensione di circa 70.000 ettari, coincide con una parte della più estesa zona di protezione speciale istituita per proteggere la Steppa a Graminacee, che ospita una delle popolazioni più importanti del falco grillaio.

Il resto della fauna comprende volpi, istrici, lupi e cinghiali. Nei pressi di Altamura ci sono invece le impressionati doline carsiche che superano rispettivamente i 100 e i 70 metri di profondità. Oltre ai Parchi Nazionali la Puglia annovera una serie di Parchi Regionali dislocati tra le varie provincie, come Lama Balice in provincia di Bari, lama tipica del paesaggio carsico pugliese, il Bosco Incoronata a Foggia e Porto Selvaggio in Salento, mentre in provincia di Taranto si distinguono le Terre delle Gravine.

Gli ottocento km di costa in Puglia mettono in risalto numerose riserve marine che valorizzano ancor più la costa pugliese, tra le aree più importanti ci sono la Riserva Marina di Torre Guaceto nel brindisino, le Riserve Marine delle Isole Tremiti e per il Salento la Riserva Marina di Porto Cesareo.